La climatisation est liée à certaines pathologies, des plus bénignes comme le nez qui coule, aux plus graves comme la légionellose. Les soucis de santé mineur sont généralement dues aux grandes variations de températures entre l'extérieur et l'endroit climatisé, ce qui peut entraîner des infections respiratoires. Mais l'air est également plus sec, ce qui peut provoquer des irritations oculaires et particulièrement chez les personnes qui portent des lentilles. Plus gênant encore est l'aggravation des allergies car l'air recyclé tend à concentrer les allergènes. Mais bien plus grave est le risque de pénétration d'agents infectieux dans le système de climatisation et particulièrement la bactérie responsable de la légionellose. Celle-ci prolifère facilement à l'intérieur des conduits des tours réfrigérantes fonctionnant à l’eau. La diffusion est alors particulièrement rapide et large, provoquant des infections pulmonaires, voire une insuffisance respiratoire et une pneumopathie chez les sujets les plus fragiles. L'hopital de la Timone à Marseille par exemple, est exempt de climatisation en service de réanimation à cause des problèmes de la légionellose.